安徽出入境检验检疫局于1999年8月10日挂牌成立，由原安徽进出口商品检验局、合肥动植物检疫局、合肥卫生检疫局合并组建而成。安徽出入境检验检疫局是国家质量监督检验检疫总局设在安徽的正厅级直属机构，负责全省进出口商品检验、进出境动植物检疫、出入境卫生检疫、鉴定、认证和监督管理的行政执法工作。
